La Secretaría de Asuntos Institucionales tiene como función afianzar el rol institucional del Consejo de la Magistratura y el fortalecimiento de los vínculos institucionales con los Poderes Legislativo y Ejecutivo nacionales, provinciales y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, Poderes Judiciales a nivel nacional o provincial y Ministerio Público de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
Asimismo, tiene a su cargo contribuir al desarrollo de planes, programas y proyectos destinados a fortalecer el acceso a la justicia y las relaciones del Consejo con la comunidad, organizaciones gubernamentales y no gubernamentales, sociales y de derechos humanos.