La Secretaría de Apoyo Administrativo Jurisdiccional supervisa las áreas que brindan servicios de apoyo a la Jurisdicción, al Consejo de la Magistratura, a otros organismos y al público en general. A través de las dependencias a su cargo coordina tareas para el Fuero Penal, Contravencional y de Faltas y el Fuero Contencioso Administrativo y Tributario; elabora y ejecuta todas las medidas necesarias tendientes a la mejora de la prestación de servicios a la jurisdicción.
La Secretaria tiene a cargo la Dirección de Apoyo Operativo, la Dirección de Auxiliares de Justicia, la Dirección de Archivo General y Depósito Judicial, la Dirección de Medicina Forense, la Dirección de Patronato de Liberados y la Oficina de Apoyo a la Justicia Penal Juvenil.